Antimikrobiálna podstielka je typ podstielky, ktorá je špeciálne vyvinutá tak, aby aktívne obmedzovala rast a množenie mikroorganizmov, najmä baktérií a plesní. Hlavnou príčinou silného zápachu v ustajnení zvierat je amoniak, plyn vznikajúci pri rozklade moču baktériami. Táto podstielka obsahuje látky, ktoré tomuto procesu zabraňujú. Nejde teda len o impregnáciu podstielky vôňou, ktorá zápach prekryje, ale o funkčnú úpravu, ktorá znižuje samotnú príčinu zápachu. Potlačením rastu baktérií zostáva podstielka dlhšie hygienicky čistá a výrazne sa predlžuje čas, počas ktorého zostáva bez zápachu. To umožňuje čistejšie prostredie pre zviera a zároveň znižuje frekvenciu, s akou je potrebné meniť celú podstielku v klietke. Takzvaná "antimikrobiálna" schopnosť sa dosahuje buď pridaním špecifických bezpečných zložiek, napríklad na báze striebra alebo zinku, alebo použitím materiálov s prirodzenými vlastnosťami, ktoré bránia rastu mikroorganizmov.