Tolerancia priemeru udáva, ako veľmi sa skutočná hrúbka tlačovej struny, teda filamentu, môže líšiť od jej udávaného štandardného priemeru, ktorý je najčastejšie 1,75 mm alebo 2,85 mm. Hodnota tolerancie sa značí ako plus/mínus, napríklad „±0,05 mm“. To v praxi znamená, že filament s priemerom 1,75 mm bude mať v skutočnosti hrúbku v rozmedzí od 1,70 mm do 1,80 mm. 3D tlačiareň je nastavená tak, aby podávala materiál do trysky na základe predpokladu, že má filament po celej svojej dĺžke konštantný priemer. Pokiaľ sa hrúbka struny mení, kolíše aj množstvo vytlačovaného materiálu. V mieste, kde je filament hrubší, tlačiareň vytlačí materiálu viac, čo môže viesť k tvorbe hrbolčekov a nepresností na povrchu výtlačku. Naopak v mieste, kde je filament tenší, sa vytlačí materiálu menej, čo spôsobuje medzery medzi vrstvami, slabú súdržnosť a celkovo krehčí model. Menšia hodnota tolerancie, napríklad „±0,02 mm“, preto značí stálejší priemer filamentu, čo zaisťuje rovnomernejší tok materiálu a vedie k rozmerovo presnejším a hladším výtlačkom.